Das Modell im Masstab 1:400 zeigt die Stadt Basel im 17. Jahrhundert. Angefertigt wurde das Modell in den Jahren 1952 bis 1959 von Alfred Peter, einem damaligen Mitarbeiter der Basler Denkmalpflege. Grundlage seiner Darstellung war der Vogelschauplan der Stadt von Matthäus Merian dem älteren von 1615. Das Stadtmodell im Museum Kleines Klingental ist die einzig öffentlich zugängliche Wiedergabe von Basels Altstadt.

Die neue Kommentierung des Stadtmodells bietet dem Besucher aufgrund der aktuellen Erkenntnisse der Basler Denkmalpflege eine Fülle von Informationen zu den im Modell sichtbaren baulichen Anlagen der Stadt, ihren Häusern und ihren damaligen Bewohnern. Mittels Touch-Screens erhält der Besucher die Möglichkeit, gezielt die ihn interessierenden Themen anzuwählen und selbst über die Abfolge und Menge an Text- und Bildinformation zu bestimmen. Bewegliche Laserpointer markieren die jeweils angewählten Objekte gleichzeitig im Modell.