Seit 1939 beherbergt das Museum die romanischen und gotischen Sandstein-Skulpturen des Basler Münsters, des bedeutendsten mittelalterlichen Sakralbaus des einstigen Bistums Basel. Seit dem Ende des 19. Jahrhunderts mussten aus konservatorischen Gründen immer wieder Originalskulpturen vom Münster abgenommen und durch Kopien ersetzt werden. Nach dem die Skulpturen im Obergeschoss bereits 1997 neu präsentiert und kommentiert wurden, sind die Skulpturen im Erdgeschoss ab 12. August 2006 ebenfalls neu beschriftet.

Im Erdgeschoss des Kleinen Klingentals sind grossformatige Skulpturen vom Westportal und den Münstertürmen aus gotischer Zeit zu sehen. Die Bilderwelt der Figuren spannt einen Bogen von Maria über biblische Könige und Heilige bis hin zu weltlichen Königen und Stiftern. Das Obergeschoss des Museums zeigt romanische Tierskulpturen und Glücksradfiguren vom Aussenbau des Münsters. Bestandteile der ehemaligen Innenausstattung – Altartafeln, Grabskulpturen und Teile des wertvollen geschnitzten Chorgestühls – sind künsterische Zeugnisse der Heiligenverehrung und des Stifterwesens im Mittelalter und vermitteln zudem handwerkliche und stilistische Aspekte.