Das Museum befindet sich im Gründungsbau des Klosters Klingental von 1274. Damals liessen sich hier zwölf Dominikanerinnen nieder, die vom Elsass über den Schwarzwald nach Basel gekommen waren. Der Name des Klosters stammt vom Gönner der Nonnengemeinschaft, dem Minnesänger und Ritter Walter von Klingen.

1293 wurde die Klosterkirche geweiht, die heute in die Kasernenanlage integriert ist. Jenseits der Kirche liessen die Nonnen grosse Wohngebäude errichten, so dass der Gründungsbau, das sogenannte «Kleine Klingental», schliesslich den Laien des Klosters überlassen werden konnte.

Das Kloster Klingental, in dem zu seinen besten Zeiten 52 Nonnen lebten, war das reichste und vornehmste Kloster Basels. Es wurde im Zuge der Reformation 1557 aufgehoben und seitdem anderweitig genutzt. 1860 mussten die Wohngebäude jenseits der Kirche dem Bau der Kaserne weichen. Seitdem erinnern nur noch der «Kleines Klingental» genannte Gründungsbau mit seinen erhaltenen historischen Intérieurs sowie das äussere des Kirchenchors an die Existenz des Klosters.