Das Kleine Klingental wurde 1937–1939 umfassend restauriert und als Sitz der Kantonalen Denkmalpflege Basel-Stadt und des «Stadt- und Münstermuseums» eingerichtet. 1996 wurde dessen stadtgeschichtlicher Teil dem Historischen Museum Basel angegliedert und der Name abgeändert in «Museum Kleines Klingental».

Das Museum beherbergt die originalen Münsterskulpturen, die bei der Gründung des Museums hier der Öffentlichkeit zugänglich gemacht wurden. Seit der Neukonzeption des Museums im Jahre 1996 werden sie in neuer Anordnung präsentiert. Ausserdem wurde eine zweite Dauerausstellung eingerichtet, die sich dem Gebäude selbst und dem Leben im ehemaligen Kloster widmet. Permanent zu sehen ist auch das einzig öffentlich zugängliche Modell der Stadt Basel.

Die Verwaltung des Museums liegt bei der Kantonalen Denkmalpflege Basel-Stadt. Die Stiftung «pro Klingentalmuseum» und der Verein «Freunde des Klingentalmuseums» unterstützen die Aktivitäten des Museums.